Aunque el foco de atención ha estado normalmente puesto sobre los aspectos de cantidad de agua y eficiencia en el uso, en la actualidad se ha creado un serio problema de calidad del agua en muchas partes del mundo que empeora la crisis del agua.
Los asentamientos humanos, la industria y la agricultura son las mayores fuentes de contaminación de las aguas. A nivel global, el 80% de las aguas residuales de los municipios son vertidas sin tratar en cursos de agua; la industria es responsable del vertido de millones de toneladas de metales pesados, disolventes, lodos tóxicos y otros desechos en cuerpos y masas de agua cada año; y la agricultura, que acapara el 70% del consumo de agua dulce, juega un papel mayor en la contaminación, ya que las granjas descargan grandes cantidades de agroquímicos, materia orgánica, residuos, sedimentos y desagües salinos en los cursos de agua. El conjunto supone una enorme amenaza para los ecosistemas acuáticos, para la salud humana y para las posibilidad de producción.
Los peores impactos en ríos, lagos, acuíferos y zonas costeras provienen del abuso de agroquímicos, agua, alimentos animales y medicamentos utilizados para incrementar la productividad agropecuaria y hacer frente a la demanda creciente. El informe analiza las diferentes áreas de actividad agrícola (cultivos, ganadería y acuicultura) para identificar sus impactos sobre la calidad del agua y plantea diferentes vías de respuesta ante esta amenaza.